مهندسی مکانیک بیوسیستم یکی از زیرمجموعه‌های آموزش عالی است که با بهره‌گیری از اصول و روش‌های مهندسی تلاش در جهت رفع موانع یا بهبود فرآیندها در سامانه‌های زیستی و کشاورزی را دارد. استفاده از فناوری‌های نوین در سیستم‌های زیستی، طراحی ساخت و ارزیابی ماشین‌ها، سامانه‌ها و خطوط تولید و فرآوري مرتبط با بخش کشاورزي و تولید مواد غذایی، بررسی و توسعه منابع تأمین انرژی‌های تجدیدپذیر همچنین توسعه فرآیندها و فناوری‌های پس از برداشت محصولات از جمله زمینه‌های مهم و مطرح در حوزه مهندسی مکانیک بیوسیستم است.